La recherche sur Medline
Quelques clés pour l'utilisateur
Francois Babinet
ECHO Pôle Santé Sud - Le Mans
novembre 2009
Introduction
La décision de mettre en ligne gratuitement sur Internet la base de données Medline produite par la National Library of Medicine (NLM) américaine a été prise en juin 1997 par le gouvernement américain. Medline s'est alors rapidement imposé comme le standard de la recherche bibliographique médicale et il figure souvent en lien direct dès la page d'accueil de nombreux sites Web médicaux ou scientifiques. Le portail Pubmed de la NCBI (National Center for Biotechnology Information), a été mis en ligne fin 1999 et bénéficie de régulières améliorations. La conservation et l’automatisation des équations de recherche ont été offertes à l’utilisateur en fin d’année 2008. Un équipement informatique léger muni d'une connexion Internet mobile (Clé 3G+) permet actuellement de réaliser un travail de recherche élaboré en quelques minutes.
Le vocabulaire de la recherche : le MeSH
Le MeSH (Medical Subjects Headings) est le thésaurus des termes employés pour indexer la base de données bibliographiques Medline. Il compte 25186 mots-clés que l'on appelle "descripteurs" et plus de 40000 entrées. Chaque article est indexé dans la base de données quelques jours ou quelques semaines après sa parution avec les descripteurs (15 au maximum). En fait, le MeSH est devenu le langage standard d'indexation des documents médicaux. La version française est préparée par l'INSERM. Comme notre Petit Larousse, le MeSH est le dictionnaire d'une langue vivante dont la dernière version bilingue 2009 est disponible :
http://ist.inserm.fr/basismesh/meshv09.html
Le toilettage annuel mais permanent (dynamic content !) comporte des suppressions (26 cette année, « killer cells » par exemple remplacé par « killer cells, natural » introduit antérieurement), des modifications souvent de simple syntaxe ou d’évolution de la terminologie (143 cette année, « heat » devient « hot temperature » ), et l'introduction de nouveaux termes (446 pour l'an 2009 dont beaucoup de produits chimiques ou pharmaceutiques, mais apparaissent notamment « journal impact factor », «mp3 player », « nephrogenic fibrosing dermopathy » !!)
Les descripteurs sont classés selon une arborescence qui suit la logique d'un classement de bibliothèque. Les descripteurs majeurs [MAJR] reflètent le sujet principal de l'article, les termes MeSH non majeurs [MH] décrivent un aspect secondaire. Les entrées peuvent être multiples, ainsi le descripteur "Glomerulonephritis, IGA" sera t il retrouvé dans la déclinaison des maladies rénales et des maladies immunologiques :
All MeSH Categories
Diseases Category
Urologic and Male Genital Diseases
Urologic Diseases
Kidney Diseases
Nephritis
Glomerulonephritis, IGA
Immunologic Diseases
Autoimmune Diseases
Glomerulonephritis, IGA
Chaque interface Medline possède son propre moteur de recherche MeSH (MeSH-Database) pour aider l'utilisateur à repérer les termes et les intégrer directement dans l'équation de recherche. La saisie de IgA nephropathy ou Berger's disease trouvera le terme MeSH : Glomerulonephritis, IGA. Des qualificatifs (83 au total) ou subheadings hiérarchisés eux aussi peuvent être liés aux descripteurs MeSH pour en préciser le sens ( 1).
Dans l'équation de recherche, on écrit : terme MeSH/qualificatif.
Exemples :
- Glomerulonephritis, IGA/epidemiology ou
- Glomerulonephritis, IGA/EP,
- hypertension/diet therapy (/DH) ou
- hypertension/drug therapy (/DT)
- tous les deux retrouvés par le simple hypertension/therapy (/TH) qualificatif père des deux précédents.
Deux conseils pratiques :
1. la saisie de Berger, Kahler, Horton sera préférée à Maladie de …. qui aboutit à une impasse;
2. si la recherche n'aboutit à aucun résultat, il faut la reprendre en modifiant les termes de la requête.
La grammaire de la recherche
Les opérateurs boléens sont toujours saisis en majuscules.
AND permet la combinaison de 2 champs et restreint la recherche.
Exemple : sujet X AND sujet Y, sujet AND auteur, auteur AND date de publication...
OR (en plus) élargit le champ de la recherche.
Exemple : hemodialysis OR peritoneal dialysis va retrouver les pages contenant l'un ou l'autre des termes ou les deux à la fois.
NOT (sauf) exclut du champ de la recherche.
Exemple : glomerulonephritis NOT lupus nephritis...
Les opérateurs d'une équation de recherche sont lus de gauche à droite s'il n'y a pas de parenthèses avec la même logique qu'une équation mathématique !
Les dates doivent être entrées au format américain : YYYY,MM,JJ.
Ne jamais introduire d'accent dans la fenêtre d'interrogation qu'il s'agisse d'une interface anglophone de Medline ou même dans le dictionnaire MeSH bilingue de l'INSERM.
La troncature, symbolisée par (*) permet de combiner des sujets.
Exemple : la recherche de Glomerulonephro* retrouvera les qualificatifs
- glomerulonephropathies,
- glomerulonephropathy,
- glomerulonephropaties,
- glomerulonephroses,
- glomerulonephrosis et
- glomerulonephrotic.
Les guillemets (" ") forcent le lien entre les mots d'une expression.
Exemple : renal biopsy recherchera les 2 qualificatifs séparément (résultat très peu pertinent !) alors que "renal biopsy " l'effectuera de façon liée et donc adaptée. Ces deux notions doivent être utilisées avec prudence car elles empêchent le mapping et l'explosion automatique de la recherche (voir glossaire).
Medline
Base de données de référence pour le praticien , Medline analyse 4255 titres dont 86 revues francophones. Le "Journal Database " de PubMed donne accès aux titres des revues indexées. 15 millions d'articles ont été référencés depuis 1966. La mise à jour est quotidienne. Attention, l'indexation ne prend pas en compte les livres ou monographies ni les résumés de réunions scientifiques.
Les interfaces d'entrée sont nombreuses, soit directes (voir infra), soit à partir d'un "portail" en cliquant sur le logo "Medline" de la page d'accueil :
Société de Néphrologie :
Bibliothèque du CHR de Rouen :
http://www.chu-rouen.fr/documed/medline.html
Bibliothèque A.F. Lemanissier du CH du Mans
http://www.bmlweb.org
Un seul accès gratuit existe actuellement : PubMed. Il est en constante évolution grâce à la prise en compte des remarques des utilisateurs.
Ovid SP, disponible dans les bibliothèques universitaires, requiert un abonnement.
Pubmed
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi
Produit par le National Center for Biotechnology Information et la National Library of Medicine, la mise en ligne date de septembre 1999. La mise à jour du site est effectuée toutes les semaines. Il s'agit certainement du meilleur rapport performances / simplicité d'emploi. L’interface a été complètement remodelée en 2009 et mise en ligne le 27 octobre.
L'utilisateur peut tout simplement saisir un mot-clé en anglais dans la zone de requête pour une recherche simple puis taper "Search".
Les anciens onglets « Limits, Preview/Index, History, Clipboard, Details » ont été remplacés par un outil unique « Advanced search » plus intuitif et plus rapide.
Le parcours effectué est conservé dans « History ». Il peut être retravaillé pendant toute la durée de la connexion par combinaison des numéros de recherche avec la syntaxe : # n°X AND #n°Y La requête peut être limitée à un auteur, un périodique, un intervalle de dates :
A un type de publication, une tranche d’âge… cocher simplement l’item
Une recherche plus fine utilise les champs d’indexation (3).
La syntaxe est : terme [champ].
Ceux-ci peuvent être choisis manuellement et les plus utiles concernent la nature des mots clés ou leur localisation :
- Auteur [au] ,
- Descripteur MeSH [mh] ,
- Descripteur majeur [majr] ,
- Titre de périodique [ta] ,
- Type de publication [pt] ,
- Date de publication [dp] → 2002:2007 [dp] ,
- Titre [ti] ,
- Titre et résumé [tiab] ,
- Bordereau d’indexation [tw]
Mais il est possible de se faire assister par « Advanced search ». Il faut alors successivement :
- choisir son champ de recherche (menu déroulant All Fields)
- saisir un libellé dans la fenêtre puis taper "Index"
- l'intégrer dans l'équation de recherche avec un opérateur AND, OR ou NOT
La découverte de l’écran des résultats est intuitive. Un clic sur le titre ouvre l’abstract. A droite un lien avec l’éditeur du journal permet d’ouvrir l’article en entier. L’accès est souvent libéré 2 années après la parution et le format de fichier est toujours un PDF.
L'équation de recherche peut-être visualisée avec "Search details" (colonne de droite) et éventuellement modifiée et affinée. A tout moment il est possible de revenir en arrière vers le "MeSH Database" ou "Advanced search".
Le presse-papiers ou "Clipboard" permet de stocker les références (500 au max) au fur et à mesure du travail et de différer sauvegarde et impression (Send to Cilboard). Purge automatique après 8 heures d’inactivité.
De nouvelles fonctions ont enrichi PubMed depuis 2005 avec l’espace « My NCBI » dont l’interface et les fonctionnalités ont été complètement revues en octobre 2008. Il s’agit d’un espace personnel ouvert après inscription (gratuite) qui permet de placer ses équations de recherche et de suivre les résultats. Il est possible par exemple de se faire adresser la liste des résultats d’une requête selon une périodicité définie dans votre propre boite aux lettres. C’est le « Push » : le serveur fait le travail dont vous lui avait passé commande, et le « pousse » dans votre boite aux lettres. En outre, « My NCBI » ajoute des filtres aux limites introduites avec « Advanced search » vues plus haut.
Cet outil personnel récemment rénové permet de préparer directement une bibliographie qui peut être triée par sujet, date, auteur…
L’utilisation des fils de diffusion d’information ou flux RSS requiert une manipulation précise. L’utilisateur se reportera à la notice de notre webmestre.
Après avoir construit et affiné sa requête, on l’envoie vers le flux : « 
RSS » :
On active le flux : « Create RSS »
Le voici avec son adresse XML orange qui pourra être copiée dans un lecteur de flux : clic droit sur le logo XML, copier le raccourci.
Par exemple, Google reader http://www.google.fr.reader/ est un espace personnel après inscription sur lequel vous allez reporter votre équation :
Clic droit :
1) coller dans l’espace « ajouter un abonnement »,
2) ajouter
A chaque ouverture de votre lecteur de flux, les dernières indexations s’affichent, vous suivez vos thèmes favoris sans aucun effort ! Tout ce qui est nouveau ou non lu s’affiche en caractères gras. Par rapport au courrier adressé par « My NCBI », vous vous affranchissez du circuit des e-mails et de leurs spams pour le moins polluants et ingérables…
Glossaire
Mapping : c'est la liste des mots voisins ou de l'environnement logique d'un terme. Le mapping permet de remplacer un terme non MeSH par un descripteur MeSH à partir d'une table de correspondance. Dans les différentes interfaces de Medline, le Mapping est automatique sauf utilisation de la troncature (*) ou des guillemets (" ") qui l'empêchent.
Explosion : c'est la recherche d'un terme MeSH saisi dans la fenêtre, mais aussi de façon automatique de tous ceux qui sont indexés en dessous dans l'arborescence MeSH (4).
Pondération : c'est l'utilisation des descripteurs MeSH majeurs uniquement. Syntaxe : terme [MAJR] ; à utiliser avec parcimonie car restreint la recherche (2).
Le silence : c'est l'absence de réponse à une requête. Il faut relancer la recherche après une modification des termes.
Le bruit : c'est au contraire l'avalanche de réponses (inexploitables et peu pertinentes) qui invite à affiner la recherche.
Conclusion
Les interfaces de recherche bibliographiques sur Medline sont suffisamment conviviales et intuitives pour être utilisées à la fois par le débutant et l'utilisateur expert. L’outil PubMed a des fonctionnalités puissantes et méconnues. L’utilisateur s’arrête souvent a une recherche basique découragé par un flot de réponses inutilisables. Faisons le vœu que le néphrologue ait l’ambition d’aller plus loin, il sera largement récompensé de ses efforts !
Avec le temps, l’utilisateur expérimenté passera d’une écriture « verticale » longue et fastidieuse avec l’aide des menus déroulants à une écriture « horizontale » reliant de nombreux descripteurs accolés à leurs qualificatifs et champs et reliés par AND, OR ou NOT.
Le néphrologue n’aura pas manqué de remarquer à la lecture des méta-analyses, reviews ou guides de bonnes pratiques la mise en annexe des équations de recherche Medline utilisées pour la publication. Souvent complexes, c’est aussi une excellente source d’exemples de haut niveau pour le lecteur averti.
Bibliographie
La rapidité d'évolution de l'Internet explique que les références proposées soient on-line. La recherche a été faite en septembre 2009 et des modifications peuvent être intervenues lorsque le lecteur en prendra connaissance. Toujours bien vérifier lors de la lecture d'un texte qu'il soit signé et que la date de mise à jour soit explicite.
1. La Revue du Praticien Médecine Générale publiait chaque semaine une chronique de Philippe Eveillard sur l'Internet médical. Dans la monographie mensuelle du journal, le même auteur rédige une fiche « Medline » sur le sujet traité (mots-clés, descripteurs les plus pertinents, champs, équations…) fourmillants de détails et d’astuces des plus rentables. Il semble que depuis début février 2009 que la nouvelle présentation du journal ne comporte plus la fiche citée ci-dessus : demandez à votre Bibliothèque Universitaire de vous préparer un « collector » des 15 ou 20 dernières fiches : vous voilà prêt pour l’apprentissage !
2. Le site du CHR de Rouen donne sous la signature de B. Thirion des liens bibliographiques et un cours d'initiation à PubMed. Mise à jour régulière des équations de recherche.
3. Un cours de PubMed très pédagogique et illustré est donné par C.Boudry de l'Ecole des Chartes. http://www.ext.upmc.fr/urfist/biolo/bioguide2/medline/medline.htm (mise à jour juin 2006).
4. Sans oublier le Didactitiel de PubMed qui est de nouveau disponible en fichier pdf : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.fcgi?book=helppubmed&part=pubmedhelp
Adresse de correspondance :
François Babinet
Néphrologie-Dialyse,
ECHO – Pôle Santé Sud,
34 rue de Guetteloup
72016 Le Mans Cedex 2
